染色液种类繁多，各种染色液染色原理不同，灵敏度各异。使用时可根据需要加以选择。常用的染色液有：

1．考马斯亮蓝R250(coomassie brilliant blue R250，简称CBBR250或PAGE blue83)

   考马斯亮蓝R250的分子式为C14H44O7H3S2Na，MW=824，λmax=560-590nm。染色灵敏度比氨基黑高5倍。该染料是通过范德瓦尔键与蛋白质结合，尤其适用于SDS电泳微量蛋白质染色，但蛋白质浓度超过一定范围时，对高浓度蛋白质染色不合乎Beer定律，作定量分析时要注意这点。

2．考马斯亮蓝G250(简称CBBＧ250或PAGE blue G90，又名xylene brilliant cyanin G)

   考马斯亮蓝G250比CBB R250多二个甲基。MW=854，λmax=590-610nm。染色灵敏度不如R250，但比氨基黑高3倍。其优点是在三氯一酸中不溶而成胶体，能选择地使蛋白质染色而几乎无本底色，所以常用于重复性好和稳定的染色，适于作定量分析。

3．银染色法

   此法是Switzer.R.C和Merril.CR首先提出的，它较CBB R250灵敏100倍。但染色机制

   尚不清楚，可能与摄影过程Ag+的还原相似。其灵敏度很高，牛血清为4×10-5μg/mm2，即清蛋白为8×10-5μg/mm2，cyt C为1.7×10-4μg/mm2，因此也常用于凝胶电泳蛋白质染色。