Brenton Graveley是在2014年4月收到他的*台MinION测序仪的。他所在的康涅狄格大学实验室是*获得Oxford Nanopore Technologies测序仪的客户。尽管准确性不稳定，通量也不高，但Graveley和他的同事决定立刻就试试。

对于MinION，众多讨论都集中在它的迷你尺寸：早期的试用者将它带到疫情爆发区和热带雨林。不过对于Graveley来说，MinION读取的DNA链长度与测序仪本身一样让人激动。大多数测序仪依赖化学反应，随着时间的推移容易出错，这意味着只能读取短片段的DNA。MinION则是在DNA分子穿过狭窄的纳米孔时观察它们，只要DNA穿过，它们就产生数据。

在一篇发表在《Genome Biology》的文章中，Graveley和两个实验室成员，Mohan Bolisetty和Gopinath Rajadinakaran，证明了这些读长如何帮助他们解释Dscam1的行为。这是个很难对付的基因，在形成昆虫大脑的结构时起了关键作用。这个基因可产生数千个略微不同的蛋白质，很难用常规的测序技术去了解。

绝望的转录组

Graveley的实验室研究了转录组。他们特别感兴趣的是那些RNA分子可以采取不同的形状，或异构体，这是随机的，或取决于细胞在特定时间需要什么。通过选择性剪接的过程，不同的亚基组成了基因。许多基因有两个或更多的互斥外显子，而那些表达为RNA和蛋白质的外显子对细胞行为有着重大影响。

作为果蝇中选择性剪接的世界纪录保持者，Dscam1带来了非凡的挑战。Dscam1由115个外显子组成，其中只有20个总是转录成RNA。另外95个存在于四个相互排斥的外显子簇中，因此，人们预测Dscam1可能有超过3.8万个异构体。

“到目前为止，这个数量级超过了其他任何一个基因，”Graveley解释道。这种灵活性也许有助于了解Dscam1的功能。它产生的蛋白质帮助识别昆虫大脑中的单个神经元，让它们不同于它们的邻居。在一些实验中，Dscam1经过改造以产生较少的RNA异构体，结果使果蝇发育过程中的神经连接遭到破坏，严重时甚至造成死亡。

Dscam1也在昆虫的免疫系统中发挥作用，这是它产生众多异构体的另一原因。在对付某些病原体时，每个分子都或多或少有效。然而，要弄清楚特定样品中存在哪些异构体，这不是一般的难。Graveley已经研究了十多年，但还是无法回答一些基本的问题：一些异构体是不是更常见、更重要？理论上的异构体全都表达吗？

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